Gabiriari buruzko lehen aipamena 1350eko idatzi batean agertzen da, Iruñeako Artzapezpikutzaren Errenta Liburuan "Santa María de Alkain" izenez azaltzen da, Nafarroako Errege Carlos II, Gaiztoa, zelarik. Data hau baino lehenago, herriko hainbat familia noblek nafar erregeei lagundu zieten 718. urtean, 1130. urtean Alfontso Sanchez I, Borrokalariari, Baiona erasotzen, eta 1212an "Navas de Tolosa" delako batailan ere parte hartu zuten.
Badirudi, 1384 Segurarekin harremanetan egon zela, baina XV.menderako Areriako Alkatetza Nagusiaren barnean zegoen.
Felipe IV, Espainiako Erregeak, 1661ean hiribildu titulua eman zion, eta Areriatik bereizi egin zen.
Gipuzkoako Batzarretara ordezkaria bidaltzeak sortzen zituen gastuak murrizteko, 1663an, Argisanoko Santa Krutzeko Batasuna eratu zuen, Ezkioga eta Zumarragarekin batera. Horrela jarraitu zuen 1766 arte, ordutik aurrera, Batasuna utzi eta Batzarretara bere ordezkaria bidali zuen.
Aipatu, XIX. mendean, Gabiriako herrian bainuetxe bat izan zela. Bertako urak, burdin-sulfhidrikoak bezala sailkatuak izan ziren. Gaur egun, bertan lantegi bat dago. Ur beltzak ere oraindik hor diraute eta osasunarentzat oso onuragarriak dira.