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La primera cita de esta villa figura en el Libro de Rentas del Arzobispado de Pamplona en el año 1.350, siendo rey de Navarra Carlos I, el Malo, y aparece bajo el nombre de "Santa María de Alkain". Con anterioridad, diversas familias nobles del pueblo habían colaborado con los monarcas navarros en el 718, en 1.130 con Alfonso Sánchez I, el Batallador, asaltando Baiona, participando asimismo en la batalla de Navas de Tolosa en 1.212.
Se calcula que en 1.384, estableció un trato de vecindad con la villa de Segura y que su duración fue breve, pues en el siglo XV pertenecía ya a la Alcaldía Mayor de Arería.
En 1661, logró del rey de España, Felipe IV, el privilegio de ser villa por sí misma, segregándose de Arería.
En 1663 formó con Ezkioga y Zumarraga una unión llamada "Santa Cruz de Arguisano", a fin de minimizar los gastos del procurador que asistía a las Juntas Generales en su representación. Estuvo integrada en la misma hasta 1766, fecha en que abandonó la agrupación para asistir separadamente a las Asambleas de la Provincia.
Citar por último, que en el siglo XIX, existió en el municipio de Gabiria un balneario. Sus aguas fueron clasificadas como "sulfhídricas ferruguinosas". Actualmente es una fábrica. Las "ur beltzak" todavía se conservan y son muy beneficiosas para la salud.